翁祥初，原籍福建省上杭縣。1929年加入中國共產(chǎn)黨。1930年參加了第二次攻打長沙的戰(zhàn)斗，隨后擔任紅五軍團第十四軍四十師炮兵連指導員。1933年4月，他進入了瑞金紅軍大學進行學習，并歷任團政治處主任和團政委等職務。

長征期間，翁祥初歷任紅八軍團野戰(zhàn)醫(yī)院政委、紅一軍團二師政治部巡視團主任、紅一軍團炮兵連指導員等職，1935年12月，他被任命為紅一軍團野戰(zhàn)醫(yī)院黨總支書記。1937年8月，他擔任中央軍委警衛(wèi)營教導員。

抗日戰(zhàn)爭勝利后，翁祥初先后擔任晉察冀軍區(qū)第二縱隊一旅政治部主任、晉察冀軍區(qū)第三縱隊政治部組織部部長、華北軍區(qū)補訓兵團政治部組織部部長等職。中華人民共和國成立后，他歷任華北軍區(qū)后勤部軍需部政委、華北軍區(qū)后勤部政治部副主任和華北軍區(qū)后勤部油料部政委等職。1997年在北京逝世，享年90歲。