1941年4月，洪學智擔任新四軍鹽城衛戍區司令員兼抗大五分校副校長。7月，抗大五分校開學，洪學智主講游擊戰術。他講課通俗易懂，深入淺出，深受戰士們的喜愛和歡迎。

不久，日軍集結兵力1.7萬人、裝甲汽艇百余艘，在飛機掩護下，對鹽阜地區進行夏季大“掃蕩”。新四軍軍部命令洪學智統一指揮尚在鹽城的軍直屬單位人員和抗大五分校師生轉移。

洪學智接到命令后，立即進行了周密部署。20日上午9時，新四軍軍直屬單位和抗大5分校共6000余人，在5分校警衛連的保護下，開始有序撤離鹽城。與此同時，洪學智親自率領連排干部隊留在城內，擔任掩護、阻擊的任務。洪學智把隊員每3人分成一個戰斗小組，分散活動，充分利用鹽城河多橋多的地形特點，在鹽城內外節節抗擊，以迷惑、遲滯敵人的進犯。

7月21日，天降大雨，洪學智率連排干部隊的學員以小組為單位，進入預先指定的位置埋伏。上午八九點鐘，敵人先頭部隊開著多艘汽艇向鹽城駛來。埋伏在河岸的戰斗小組立即開火，并引爆了事先放在河中的土“水雷”。各戰斗小組稍稍應戰，便迅速撤退。

敵人以為從河上進攻會遭到埋伏，只得棄船登岸，向鹽城撲來，其行進速度大幅減緩。當敵人抵達鹽城附近一座木橋時，洪學智命令戰士們點燃了事先潑在橋上的汽油。面對熊熊大火，敵人只得再次停下來滅火。敵人過橋后，又不斷遭到襲擊，只得緩慢前行。當他們到達鹽城時，洪學智早已率領斷后的指戰員前往盤灣的葦草地區，與軍直屬單位、抗大五分校的同志會合了。

洪學智到達后，立即率領五分校一大隊和警衛連，在三天之內，保護軍直屬單位人員從鹽城和上崗兩個敵人據點之間的新興場附近安全通過封鎖線，前往阜寧。

軍直屬隊剛剛穿過封鎖線，日偽軍便趕到盤灣“掃蕩”。洪學智立即指揮五分校師生突圍轉移，行進途中，洪學智帶領警衛連20余名戰士當先前進，遭到敵人100余人的圍攻。洪學智從容指揮，率領戰士們兩次打退敵軍的進攻，不僅將敵人擊潰，還乘勝追擊，抓了10多個俘虜。當洪學智率領部分師生前進至龍王廟附近時，發現日偽軍150多人正在“掃蕩”。他一面命令師生迅速向海邊轉移，一面率領警衛連兩個排投入戰斗，迅速將敵人擊潰，并救回了被敵人抓捕的群眾，奪回了被搶走的糧食。

整個夏季反“掃蕩”期間，洪學智指揮抗大五分校師生主要在串場河以東的鹽東、臺北、臺東沿海狹長地帶活動。時值酷暑，蘆葦叢中又悶又熱，蚊蟲肆虐。洪學智和五分校師生克服重重困難和敵人周旋，堅持在海邊和敵人戰斗。為了打擊敵人，洪學智還不時集中全校的戰斗力量主動出擊，配合兄弟部隊消滅小股敵人，攻克了南洋岸敵人的兩個據點。

隨著反“掃蕩”的勝利，9月初，按照新四軍軍部指示，洪學智率領抗大五分校的師生隊伍來到阜寧縣王橋口、碩集休整，并恢復上課。